Amitriptylin có nhiều tương tác thuốc quan trọng. Chống chỉ định với các thuốc ức chế MAO do nguy cơ hội chứng serotonin. Không khuyến cáo dùng cùng thuốc giao cảm (adrenalin, ephedrin, isoprenalin, noradrenalin, phenylephrin, phenylpropanolamin), phong bế thần kinh giao cảm (clonidin, methyldopa), thuốc kháng cholinergic, thuốc kéo dài khoảng QT (thuốc chống loạn nhịp, thuốc kháng histamin, thuốc chống loạn thần, cisaprid, halofantrin, sotalol), thioridazin, tramadol, thuốc kháng nấm (fluconazol, terbinafin). Thận trọng khi phối hợp với thuốc ức chế thần kinh trung ương. Các thuốc ảnh hưởng đến amitriptylin: thuốc ức chế hoặc cảm ứng CYP (fluoxetin, cimetidin, rifampicin), ethanol, alpha-2 agonist, altretamin, thuốc gây mê, thuốc giảm đau opioid, linezolid, thuốc ngủ, disulfiram, thuốc lợi tiểu, dopaminergic, thuốc giãn cơ, nitrat, estrogen, progesteron, sibutramin. Những tương tác này có thể gây tăng hoặc giảm hiệu quả, độc tính, loạn nhịp tim, hoặc ảnh hưởng thần kinh trung ương.