Trong trường hợp quá liều, cần đưa người bệnh đến bệnh viện và theo dõi ít nhất 24 giờ, cần theo dõi các dấu hiệu lâm sàng, nồng độ kali huyết và làm các xét nghiệm về gan, thận.
Fluconazole được đào thải nhiều trong nước tiểu. Trong trường hợp nặng có thể tiến hành thẩm phân máu. Một đợt thẩm phân máu kéo dài 3 giờ làm giảm khoảng 50% nồng độ trong huyết tương.