Enterogermina được dùng để điều trị và phòng ngừa các rối loạn tiêu hóa do rối loạn hệ vi sinh đường ruột, như là tiêu chảy, đau bụng và đầy hơi (do loạn khuẩn đường ruột) và tình trạng thiếu vitamin trong cơ thể do mất cân bằng hệ vi sinh đường ruột (bệnh lý kém hấp thu vitamin nội sinh).
Điều trị hỗ trợ để phục hồi hệ vi khuẩn đường ruột bị ảnh hưởng khi dùng thuốc kháng sinh hoặc hóa trị liệu.
Rối loạn tiêu hóa cấp và mạn tính ở trẻ em do nhiễm độc hoặc rối loạn hệ vi khuẩn đường ruột, như là tiêu chảy, đau bụng và đầy hơi (do loạn khuẩn đường ruột) và kém hấp thu vitamin.