Sau khi sử dụng các chế phẩm clotrimazol dùng ngoài da, hấp thu toàn thân là rất thấp. Sinh khả dụng ước tính là dưới 0,5%.
Sau khi bôi lên da dạng kem, clotrimazol phân bố vào lớp sừng biểu bì, lớp gai biểu bì, lớp nhú và lưới biểu bì. Nồng độ clotrimazol đạt được trong các lớp biểu bì lớn hơn nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) cho hầu hết các nấm gây bệnh. Nồng độ cao nhất đạt được trong lớp sừng (50-100 mcg/mL) và nồng độ thấp nhất là ở lớp nhú nền biểu bì (1,53-3 mcg/mL).
Hầu hết clotrimazol hấp thu vào cơ thể thải trừ qua nước tiểu ở dạng chất chuyển hóa không hoạt tính (2 chất chuyển hóa chính và 3 chất chuyển hóa phụ). Clotrimazol thải trừ nhiều vào phân, chủ yếu qua đường mật. Thanh thải qua thận chiếm khoảng 0,05% đến 0,5% thuốc thải trừ. Thời gian bán thải của thuốc mẹ là 3,5-5 giờ.