Mặc dù hấp thu nhanh, sinh khả dụng toàn thân của domperidone chỉ đạt khoảng 15% ở người đói uống liều duy nhất, và tăng lên khi dùng domperidone sau bữa ăn. Sinh khả dụng thấp do thuốc bị chuyển hóa qua gan lần đầu và chuyển hóa ở ruột.
Hơn 90% domperidone gắn kết với protein huyết tương và có thời gian bán thải cuối cùng là 7,5 giờ. Thuốc chuyển hóa nhanh và nhiều qua gan. Con đường chuyển hóa chính là khử gốc alkyl ở vị trí N nhờ isoenzym CYP3A4 của cytochrom P450 và hydroxyl hóa nhân thơm nhờ CYP3A4, CYP1A2 và CYP2E1. Khoảng 30% liều dùng đường uống được bài tiết qua nước tiểu trong vòng 24 giờ, hầu hết dưới dạng chất chuyển hóa; phần còn lại được thải trừ qua phân sau vài ngày và khoảng 10% ở dạng nguyên vẹn. Thuốc khó qua hàng rào máu não.
Một lượng nhỏ domperidone phân bố vào sữa mẹ, nồng độ đạt 10 - 50% trong huyết thanh của người mẹ.